Ahiretin habercisi olan Hellboy, Profesör Broom (John Hurt) yönetimindeki Müttefik Kuvvetler tarafından kurtarılır. Profesör Broom, Hellboy'daki olağanüstü yetenekleri geliştirir ve onu bir kahraman olarak yetiştirir. Karanlık kökenine rağmen, Hellboy şaşırtıcı biçimde iyilik yanlısı biri olur ve dünyayı tehdit eden kötü güçlerle savaşır. Rasputin'in amacı ise Hellboy'u tekrar karanlık tarafa geçirmek ve güçlerini bir dünya savaşı çıkarmak için kullanmaktır